Från maxillärartären rör sig den bakre djupa temporala artären uppåt och passerar mellan den yttre pterygoidmuskeln, en muskel i käken och den temporala muskeln, som ligger på sidan av huvudet. I den infratemporala fossa (ett utrymme som ligger bakom kindbenet) separeras artären i många grenar. Den infratemporala fossa, förutom den djupa temporala artären, innehåller temporalis-muskeln, auriculotemporal nerv, de djupa temporala nerverna och den ytliga artären.
I fossa rör sig den bakre djupa temporala artären in i den temporala muskeln, tillsammans med den djupa temporala nerven. Artären levererar blod till den skivepartiet av det temporala benet (beläget högst upp om det temporala benet) och perikraniet (den yttre täckningen av skallen), liksom den temporala muskeln. Det förenas med de mellersta och ytliga temporala artärerna och den främre djupa temporala artären.